Marathon obsahuje seznam různých frakcí, pro které mohou Runneri plnit smlouvy, aby získali jejich přízeň. Zde je rozbor frakcí a jaké smlouvy mohou pro Runnery poskytnout.
CyberAcme

CyberAcme Systems Inc je v čele technologického pokroku a hardwaru. They vytvořil infrastrukturu, která umožňuje přenos lidského vědomí do Runner Shells, za které hrajete v Marathon. CyberAcme tento systém monetizuje a jeho smlouvy se zaměřují na vyslání Runnera, který má auditovat Tau Ceti IV a shromažďovat zdroje pro udržení funkčnosti systémů CyberAcme. Na oplátku CyberAcme nabízí vylepšení shellu Runner, například větší prostor v inventáři.
CyberAcme je první frakce, kterou doporučuji úplně vylepšovat, protože mohou poskytnout extra cooldowny, takže můžete schopnosti nabíjet rychleji a ztrácet výdrž pomaleji, což je nutnost pro začátečníky.
Tváří CyberAcme je Oni, podpůrná AI ve formě velké, mírně odpudivé hlavy připomínající něco, co byste viděli ve světě Bladerunnera.
Nucaloric

Nucaloric Agricultural je frakce, která poskytuje jídlo, oblečení a základní zásoby po celém světě i do (nyní padlé) kolonie Tau Ceti IV. Nucaloric chce pochopit, co se stalo s kolonií na Tau Ceti IV, a aby to dosáhl, jejich smlouvy se točí kolem průzkumu a sběru předmětů z celé kolonie. Běžci jsou odměňováni převážně předměty zaměřenými na zdraví, jako jsou denní bezplatné náboje štítů, sady patchů a vylepšení regeneračních implantátů hlavy.
Pokud máte problém najít nějaké štítové náboje na Tau Ceti IV, doporučuji vylepšit NuCaloric pro získání štítových nábojů, patch kitů a vylepšení štítů pro váš Shell.
Gaius je tváří Nucaloric. Je to velká růžová postava, jejíž motivy jsou poněkud nakřivo. Zdá se, že Nucaloric ví o pádu kolonie Tau Ceti IV víc, než přiznává...
Traxus

Traxus OffWorld Industries je bohatá megakorporace, která využívá své bohatství a moc k ovlivnění Tau Ceti IV. Smlouvy, které Runnerům poskytuje Traxus, se zaměřují na získávání cenných zbraní a vybavení, které byly rozptýleny po celé kolonii. Traxus si cení jen těch nejodvážnějších a nejodvážnějších Runnerů, protože vysoce hodnotné extrakce jim dávají na hlavu cíle. Za tuto odvahu Traxus odměňuje běžce vylepšeními zbraní a luxusními úpravami zbraní.
Traxus a jeho smlouvy mohou být skvělé pro ty, kteří chtějí investovat do vysoce výkonných zbraní a úprav, což je skvělá frakce pro ty, kteří chtějí investovat do svého vybavení.
Traxuse ovládá handler Vulcan, který má nad společností neustále pevný dohled.
Mida

Mida začala jako skupina revolucionářů, kteří se stavěli proti zacházení s koloniemi ze strany UESC. Tato mise se rozrostla v Midu, kterou vidíme v Marathon, skupinu, která se zaměřuje na sabotáž UESC prostřednictvím kybernetické kriminality a narušení rozvratů. Smlouvy od Mida zahrnují ničení aktiv a nahrávání malwaru do systémů v celém Tau Ceti IV.
Mida je frakce pro běžce, jejichž herní styly jsou nebezpečné, rušivé a taktické. Mohou poskytovat bomby a další rušivé zbraně. EMP a PVP jsou pro Midu klíčové a nebudou vhodné pro hráče, kteří chtějí obranný a bezpečný běh.
Handlerem Midy je Gantry, jedinec, který mluví roztříštěnými a rozbitými submisemi, aby unikl UESC.
Arachne

Bezpochyby nejděsivější frakcí na tomto seznamu, Arachne je kult smrti působící na okraji Tau Ceti IV. They jsou motivováni jedinou věcí: smrtí a daty, která z ní mohou získat. Smlouvy od Arachne zahrnují série zabití a eliminace nepřátelských Runnerů.
Arachneiny kontrakty mohou být vysoce odměňující, protože významné informace vás varují před blízkými nepřátelskými jednotkami, ideální pro sólový běh. Nejsou nejlepší frakcí na zbraně nebo budování dovedností, a proto by je měli využívat jen zkušení runneri
Tváří Arachne je Charter, božská postava, jejíž více paží nesie zbraně a dokonce i srdce vojáka UESC.
Sekiguchi

Sekiguichi je společnost odpovědná za technologii používanou k výrobě skořápek, které Runners používají na Tau Ceti IV. Sekiguci se zajímají o biologii; Chtějí studovat hranice lidstva a právě kolem toho se jejich smlouvy točí. Retrieval a výdrž jsou hlavními cíli Sekiguchiho kontraktů a běžci jsou odměňováni vylepšeními své biologie, jako je prostoj krvácení a zkrácené cooldowny.
Sekiguichi je známý jako nejzlovolnější frakce, která posouvá hranice lidské biologie. Jejich smlouvy jsou nebezpečné, tlačí běžce do nebezpečných podmínek a oblastí s vysokým rizikem (ale rozhodně vysokou odměnou). Mohou vám poskytnout vynikající vylepšení odolnosti vůči poškození a regeneraci zdraví, ale jejich smlouvy mohou být obtížné pro nezkušené Runnery.
Nona, znázorněná svým avatarem Weaveworm, je tváří Sekiguichiho. Zdůrazňuje biologické pokroky v technologii Weaveworm, které jsou pro Sekiguichovo podnikání zásadní.